Opera Zuid heeft jarenlang met de verschillende afdelingen verspreid gezeten over vier locaties in Maastricht; de kantoren waren gevestigd in een pand op de Wilhelminasingel, de mensen van het kostuumatelier werkten vanuit een pand (voormalige school) in de wijk Malpertuis, de decorstukken en rekwisieten waren opgeslagen in een depot aan de andere kant van de stad en de repetities werden gehouden in de voormalige Kruisherenkerk. De kerk en het klooster van dit Kruisherencomplex dateren uit de vijftiende eeuw. Vandaag de dag is het gehele complex in gebruik als luxe hotel en wordt gerund door de bekende hotelier Camille Oostwegel. In oktober 2003 werd er voor het eerst gerepeteerd in de voormalige Malpertuiskerk, nadat eerst nog een kerkje aan het Sterrenplein als vervanging dienst had gedaan toen de Gemeente Maastricht het Kruisherencomplex had verkocht aan de hotelier. In april 2004 zijn de kantoren van Opera Zuid verhuisd naar het bijgebouw van de Malpertuiskerk en het kostuumatelier volgde enkele maanden later.

De aankoop van de Malpertuiskerk en bijgebouwen door de Gemeente Maastricht heeft in maart 2001 plaatsgevonden. Het Bisdom kon het voorstel om Opera Zuid te laten huisvesten in de kerk en bijgebouwen waarderen. Vanuit de verantwoordelijkheid van de Gemeente om te zorgen voor geschikte huisvesting voor Opera Zuid, waarbij alle afdelingen in één gebouw ondergebracht zouden worden, is na een haalbaarheidsstudie deze locatie aangeboden. De tijdelijke huurder van de bijgebouwen (Reinaertkliniek) had een alternatieve locatie gevonden, waarna de Malpertuiskerk na verbouwing als repetitieruimte gereed was in oktober 2003.

Sindsdien zijn er werkzaamheden geweest aan de kerk, waarbij de vele kapotte glas-in-loodramen hersteld zijn en dubbele beglazing is aangebracht ter isolatie en verhindering van geluidsoverlast. De nieuwbouw op het binnenterrein doet dienst als decoratelier en opslagruimte.

Voor de kerk Onze Lieve Vrouw van Goed Raad in het Maastrichtse Malpertuis werkten de architect Jean Huysmans en de kunstenaar Albert Troost in 1966 in een uniek samenwerkingsverband aan een wandvullend, deels figuratief en deels geabstraheerd glas-in-loodraam. De vier kerkwanden zijn op elkaar afgestemd en vormen samen een gesloten geheel. De altaarzijde geeft ruimte aan de scheppende hand, het ontstaan van de cirkel van de zon (de noord-oost wand), vandaag ook vliegen de gecreëerde vogels de naastgelegen wand van de aarde binnen (zuid-oost zijde). De eerste mensen schuilen er en het eerste drama vindt plaats. Tegenoverliggend, de wand van de niet-aarde (noord-west), met de drijvende symbolen van de evangelisten, overmatig groot. De wakende engel (zuid-west wand) met zijn vleugel over de gehele breedte van de wand gestrekt, sluit het vierkant af.